Історія Львівського медичного університету сягає 1661 року, коли 20 січня привілеєм короля Яна Казимира Львівська єзуїтська колегія була піднесена до рангу Академії з присвоєнням титулу Університету у складі чотирьох факультетів. Однак повноцінний медичний факультет аж до закриття Університету у 1773 році так і не був утворений.

16 листопада 1784 року, згідно з привілеєм імператора Йосифа ІІ від 21 жовтня 1784 року, відбулося відновлення у Львові університету з чотирма факультетами: теології, права, філософським і медичним.

Саме з цього дня відраховує свій вік Львівський національний медичний університет імені Данила Галицького.

Упродовж 1891–1898 рр. були збудовані та почали функціонувати нові навчальні корпуси та клінічні бази Університету: анатомофізіологічний, патологоанатомічний, хімічний, акушерства та гінекології, хірургії, внутрішніх хвороб, дерматовенерології, оториноларингології та ін. У березні 1900 р. відбувся перший випуск лікарів у кількості 16 осіб, серед яких було двоє українців — І. Полохайло і Я. Грушкевич. Через 100 років — у червні 2001 р. — дипломи про закінчення Університету отримали 775 лікарів, провізорів і медсестер.

У першій половині XX століття у Львові викладали медицину вихідці з університетів Кракова, Відня, Гайдельберґа та інших провідних європейських осередків освіти. Кафедри медичного факультету Львівського університету очолювали вчені світової слави професори Г. Кадий, В. Шимонович, А. Бек, Я. Прус, А. Марс, Л. Ридиґер, А. Цєшинський, М. Ненцкий, Я. Парнас, Р. Вайґль, В. Новіцький та багато інших.

Диплом Йосифа ІІ про відновлення Львівського університету від 21 жовтня 1784 р., м. Відень. Оригінал пергамент, арк. 1 і 11 звор. з підписом цісаря. ЦДІА України у Львові, ф. 131, д. 349.З 1920 р. до 1925 р. у Львові працював Український Таємний Університет, який виник через негативне ставлення польської влади до навчання українців у Львівському університеті. З 1921 р. у складі Українського Таємного Університету був організований медичний факультет, який складався з 10 кафедр, на яких навчалося 185 студентів. Серед викладачів були М. Панчишин, М. Музика, І. Куровець, С. Балей, О. Барвінський та ін. Внаслідок відсутності відповідної лабораторної та клінічної бази студенти третього і наступних курсів продовжували своє навчання у Празі, Відні, інших університетах за кордоном.

У 1939 році, після входження західноукраїнських земель до складу Української Радянської Соціалістичної Республіки, медичний факультет Львівського університету було виділено зі складу університету і реорґанізовано у Львівський державний медичний інститут з двома факультетами: лікувально-профілактичним і фармацевтичним.

З початком німецької окупації Львова діяльність вищих навчальних закладів припинилася. Через тиждень після вступу до Львова німецько-фашистських військ, у липні 1941 року, фашисти розстріляли 36 професорів львівських вищих навчальних закладів, серед яких було 13 професорів медичного інституту: Т. Островський, В. Добжанецький, С. Прогульський, І. Грек, Р. Ренцкий, А. Соловей, В. Серадський, С. Манчевський, В. Новіцький, А. Цєшинський, Ю. Гжендельський, Г. Гілярович, С. Руф. Ця акція була лише одним із епізодів ретельно спланованої гітлерівцями широкомасштабної кампанії тотального винищення діячів польської науки і культури як еліти нації. Під час окупації трагічно загинули професори А. Ластовецький, Б. Яловий, А. Бек.

20 травня 1942 року розпорядженням німецької окупаційної адміністрації на базі Львівського медичного інституту було створено медичні фахові курси. Їх навчальні програми принципово не відрізнялися від передвоєнних і були практично ідентичними з німецькими програмами вищої медичної освіти. Дещо пізніше вищезазначений навчальний заклад отримав офіційну назву Державні медикопрофілактичні фахові курси. Його орґанізація і діяльність стали можливими завдяки самовідданій жертовній праці народного професора М. Панчишина та доктора Р. Осінчука.

1 жовтня 1944 року, через два місяці після звільнення Львова з-під німецької окупації, у Львівському державному медичному інституті розпочався новий навчальний рік.

Печатки університету і факультетів. У центрі зображена Мудрість в образі богині Паллади. В правій руці вона тримає власний щит, на якому зображена голова Медизу. Над нею печатка університету, нижче якої печатка медичного факультету.Починаючи з 1961 року, поряд із підготовкою національних кадрів, Університет здійснює навчання іноземних громадян з країн Європи, Азії, Африки та Америки. За 40 років підготовано близько 2000 лікарів і провізорів — іноземців, які успішно працюють у багатьох країнах світу. З 1997 р. розпочато і динамічно розвивається навчання іноземних студентів англійською мовою.

17 жовтня 1996 року постановою Кабінету Міністрів України №1262 Львівський державний медичний інститут отримав статус вищого навчального закладу IV рівня акредитації і був перейменований на Львівський державний медичний університет.

21 жовтня 1998 р. Університетові присвоєно ім’я Данила Галицького, першого короля Галицько-Волинської держави. Данило Галицький проводив проґресивні на той час державні й адміністративні реформи, розвивав освіту і культуру, удосконалював військо та створив для нього першу школу тогочасних медиків, яка започаткувала розвиток медицини у Галичині.

21 серпня 2003 р. Указом Президента України № 872/2003 Львівському державному медичному університету імені Данила Галицького, враховуючи загальнодержавне і міжнародне визнання наслідків його діяльності, вагомий внесок у розвиток національної освіти і науки, надано статус Національного медичного університету.